Sebelum dikenal sebagai sutradara ternama, Nayato sempat menempuh pendidikan di bidang seni perfilman di Taiwan.
Bekal tersebut kemudian membawanya mengawali karier sebagai sutradara iklan pada 1996.
Baca Juga:
Sosok Setia di Balik Jenderal Hoegeng, Meri Hoegeng Berpulang
Setahun kemudian, ia mulai merambah dunia sinetron dengan menyutradarai judul New Pondok Indah pada 1997.
Namun, namanya semakin dikenal luas setelah aktif menggarap film layar lebar.
Debutnya sebagai sutradara film terjadi pada 2003 melalui proyek The Soul, di mana ia juga terlibat sebagai sinematografer.
Baca Juga:
Ayah Venna Melinda Meninggal Dunia, Unggahan Video Call Terakhir Bikin Haru
Sejak saat itu, kariernya terus menanjak dengan berbagai produksi film yang sebagian besar mengangkat tema horor dan misteri.
Pada 2006, Nayato yang juga dikenal dengan nama Koya Pagayo sempat meraih penghargaan Sutradara Terbaik dalam ajang Festival Film Indonesia (FFI).
Meski demikian, penghargaan tersebut sempat diiringi kontroversi yang turut menjadi sorotan publik saat itu.