Tahun 1986, Mahendra Siregar mulai melayani sebagai pelayan publik di Departemen Luar Negeri, lalu ditugaskan sebagai Economic Third Secretary Kedutaan Besar Indonesia di London (1992–1995) dan duta informasi Kedutaan Besar Indonesia di Washington D.C. selama 3 tahun (1998–2001).
Mahendra kemudian bergabung dengan Kementerian Koordinator Perekonomian pada 2001.
Baca Juga:
Jaga Integritas Sektor Keuangan, OJK Blokir 10 Ribu Rekening yang Terindikasi Judi Online
Mahendra dipercaya menjadi Asisten Khusus Menteri Koordinator Perekonomian Dorodjatun Kuntjoro-Jakti, kemudian menjadi Deputi Menko Perekonomian Bidang Kerjasama Ekonomi dan Pembiayaan Internasional dari tahun 2005 hingga 2009.
Ia menempati jabatan itu dengan menteri yang berganti-ganti yaitu Aburizal Bakrie (2005–2006), Boediono (2006–2008), dan Sri Mulyani Indrawati (2008–2009).
Pada bidang perbankan, Mahendra juga pernah menempati posisi sebagai direktur utama pada Indonesia Eximbank.
Baca Juga:
Komisi B DPRD DKI Minta Bank DKI Audit Gangguan Sistem Secara Menyeluruh
Ia juga pernah menjabat komisaris beberapa perusahaan yaitu PT Dirgantara Indonesia (2003–2008) dan PT Aneka Tambang (2008–2009).
Mahendra Siregar sebagai Wakil Menteri Perdagangan (2009)
