WahanaNews.co | Pemahaman
yang lebih baik soal Covid-19 memungkinkan kita mengontrol pandemi COVID-19 lebih
intens.
Baca Juga:
IDI Ingatkan Masyarakat Agar Tidak Abaikan Risiko Penularan COVID-19
Baru-baru ini, sekelompok tim peneliti internasional
menemukan pemahaman baru dari virus penyebab COVID-19 itu. Dalam sebuah riset
yang dipublikasi jurnal eLife pada Rabu (11/11), mereka menemukan gen misterius
yang selama ini tak pernah disadari berada di virus corona.
Gen yang baru ditemukan ini disebut ORF3d. Peneliti
menjelaskan, gen tersebut bisa jadi tak disadari keberadaannya selama ini
karena ia adalah contoh dari apa yang disebut gen yang tumpang tindih
(overlapping genes/OLGs).
Sebagai gambaran, peneliti menyebut kalau ORF3d sejenis 'gen
di dalam gen'. Gen tumpang tindih sendiri terjadi ketika satu bentangan
nukleotida mengkodekan dua protein berbeda dalam kerangka pembacaan yang
berbeda.
Baca Juga:
Varian Covid-19 Terbaru, WHO Peringatkan Potensi Bahaya Arcturus
"Dalam hal ukuran genom, SARS-CoV-2 dan kerabatnya
termasuk di antara virus RNA terpanjang yang ada," jelas Chase Nelson,
penulis utama riset sekaligus ahli bioinformatika dari Museum Sejarah Alam AS,
dalam pernyataan resminya. "Dengan demikian mereka mungkin lebih rentan
terhadap 'tipu muslihat genom' daripada virus RNA lainnya."
Limitasi metode
ilmiah
Dalam laporannya, para peneliti menjelaskan kalau virus
memang cukup rentan memiliki gen yang tumpang tindih. Jadi, ORF3d bukan
penemuan yang mengejutkan.
Keberadaan 'gen di dalam gen' sering luput dari pengurutan
genetika (genetic sequences) yang dilakukan ilmuwan. Alat pemindai rangkaian
gen umumnya diprogram untuk mendeteksi gen individu. Alat tersebut tidak harus
melihat rangkaian gen secara menyeluruh di antara nukleotida gen yang
berdekatan secara berurutan. Artinya, alat yang dipakai ilmuwan memang tidak
dirancang untuk menemukan gen tumpang tindih.
Masalahnya, dalam konteks virus corona SARS-CoV-2,
keberadaan gen yang tumpang tindih bisa menjadi titik buta yang serius. Para
ilmuwan sebenarnya terus berupaya memahami virus corona, namun banyak hal yang
tetap mereka belum tahu.
"Gen tumpang tindih yang hilang menempatkan kita dalam
risiko mengabaikan aspek penting biologi virus," kata Nelson.
Adapun dalam penemuan gen ORF3d, para peneliti mengembangkan
program komputer yang menyaring genom untuk pola perubahan genetik yang unik
untuk gen yang tumpang tindih. Dari program tersebutlah mereka menemukan ORF3d.
Satu Penemuan Kecil
Gen Misterius, Tapi Signifikan
Setelah menemukan gen yang tertindih ini, para peneliti
menyelidiki database genom dan menemukan kalau ORF3d tersebut telah
diidentifikasi sebelumnya dalam satu varian virus corona yang memengaruhi
trenggiling di Guangxi, China.
ORF3d sendiri sebelumnya telah salah diklasifikasikan
sebagai gen ORF3b pada virus corona lain, termasuk SARS-CoV. Namun, peneliti
menegaskan kalau kedua gen itu sebenarnya bukan hal yang sama.
"Kedua gen itu tidak terkait dan menyandikan protein
yang sama sekali berbeda," kata Nelson. "Artinya, pengetahuan tentang
SARS-CoV ORF3b tidak boleh diterapkan pada SARS-CoV-2 ORF3d."
Hingga saat ini, para peneliti belum mengetahui apa peran
gen ORF3d di virus corona. Satu-satunya pengetahuan kita soal gen tersebut,
kata peneliti, hanya didasari penelitian darah sebelumnya dengan objek kajian
pasien COVID-19 manusia. Riset itu menunjukkan, ORF3d memperoleh respons
antibodi yang kuat.
"Kami belum mengetahui fungsinya atau apakah ada
signifikansi klinis," kata Nelson.
"Tapi kami memperkirakan gen ini relatif tidak mungkin
dideteksi oleh respons sel-T, berbeda dengan respons antibodi. Dan mungkin itu
ada hubungannya dengan bagaimana gen itu bisa muncul," sambungnya.
Tim penelitian Nelson berharap, peneliti lain di masa depan
akan menyelidiki gen yang mereka temukan di laboratorium untuk menentukan
fungsinya dan mungkin menentukan peran apa yang mungkin dimainkannya dalam
kemunculan virus pandemi.
Meski saat ini fungsi gen ORF3d masih misterius, penelitian
yang dilakukan Nelson membawa kita semakin baik memahami virus corona.
Sejauh ini, virus corona diketahui cuma memiliki sekitar 15
gen. Dengan kondisi pandemi COVID-19 yang semakin memburuk, satu penemuan gen
baru, apalagi gen yang tumpang tindih, merupakan perkembangan yang signifikan. [qnt]
