Pada 17 Juni 2019, Yoon dinominasikan sebagai Jaksa Agung.
Pada 16 Juli, ia secara resmi diangkat sebagai Jaksa Agung baru dan memulai masa jabatannya 9 hari kemudian.
Baca Juga:
Hari Ini, Presiden Korsel Yoon Suk Yeol Resmi Ditangkap
Presiden Moon memerintahkannya untuk bersikap netral, menambahkan bahwa segala jenis korupsi harus diselidiki secara ketat meskipun terkait dengan pemerintah.
Namun hubungan manisnya dengan pemerintahan Moon berakhir tak lama.
Pada Agustus 2019, Yoon ditunjuk dalam dalam penyelidikan terhadap keluarga Cho Kuk, yang saat itu menjabat sebagai Menteri Kehakiman.
Baca Juga:
'Disulap' Bak Benteng, Rumah Presiden Korsel Yoon Dijaga Ketat
Cho Kuk yang dipilih oleh Moon, terlibat dalam serangkaian kontroversi, termasuk tuduhan kegiatan bisnis terlarang dan pemalsuan prestasi akademik putrinya.
Keputusannya untuk mengadili Cho Kuk disambut oleh oposisi tetapi dikutuk oleh Partai Demokrat dan pendukungnya.
Cho Kuk kemudian digantikan oleh Choo Mi-ae.