"Kami
sebenarnya bisa menyaksikan opening
dan closing-nya. Itu salah satu hal yang sangat
keren yang diberikan simulasi ini --kemampuan untuk melihat film yang sangat detail," kata
Amaro.
Lillian
Chong, ilmuwan lain dari University of Pittsburgh, mengatakan bahwa teknik standar
akan membutuhkan waktu bertahun-tahun untuk mensimulasikan proses pembukaan
gerbang glycans virus SARS-CoV-2.
Baca Juga:
Jaksa Agung: Pengoplosan Pertamax di Masa Pandemi Bisa Berujung Hukuman Mati
"Tetapi
dengan alat simulasi canggih "ansambel tertimbang" lab saya, kami dapat
menangkap proses hanya dalam 45 hari," imbuh Chong.
Simulasi
komputasi intensif pertama kali dijalankan di Comet, San Diego Supercomputer Center, UC San Diego, dan
kemudian di Longhorn, Texas Advanced Computing Center, UT Austin.
Kekuatan
komputasi semacam itu telah memberi para peneliti pandangan tingkat atom dari
domain pengikatan reseptor protein spike,
atau RBD, dari lebih dari 300 perspektif.
Baca Juga:
Kejagung Didesak Tetapkan Mantan Bupati Samosir Tersangka Dugaan Korupsi Dana Covid
Penyelidikan
mengungkapkan glycan "N343"
sebagai kunci pas yang mencongkel RBD dari posisi "turun" ke
"atas" untuk memungkinkan akses ke reseptor ACE2 sel inang.
Para
peneliti menggambarkan aktivasi glikan
N343 mirip dengan mekanisme crowbar
molekuler.
Jason
McLellan, profesor biosains molekuler di UT Austin, dan timnya menciptakan varian
protein spike dan mengujinya untuk
melihat bagaimana gerbang glikan
memengaruhi kemampuan RBD untuk terbuka.
