Pada 2005, Cak Imin terpilih menjadi Ketum PKB dalam Muktamar yang diselenggarakan di Semarang. Sementara Gus Dur ditetapkan sebagai Ketua Dewan Syura PKB.
Tiga tahun berselang, pada 2008, Ali Masykur Musa ditetapkan sebagai Ketua Umum DPP PKB berdasarkan hasil rapat antara Gus Dur selaku Ketua Dewan Syura PKB dan tim asistensi dalam Muktamar Luar Biasa PKB di Parung, Bogor, Jabar.
Baca Juga:
Pasca Dilantik Jadi Anggota DPR RI, H Sudjatmiko Tasyakuran Bareng Tim Pemenangan
Posisi Sekjen PKB saat itu diemban putri kedua Gus Dur, Zannuba Ariffah Chafsoh Wahid alias Yenny Wahid.
Di acara Mata Najwa tersebut, Cak Imin mengklaim dirinya ikhlas menerima keputusan tersebut. Cak Imin pun mengaku tidak ikut campur ketika PKB di bawah kepemimpinan Ali Masykur dan Yenny Wahid.
"Satu-satunya ketua umum yang dipecat Gus Dur tidak melawan hanya saya, bahkan setelah saya serahkan, kemudian kepemimpinan diambil alih oleh Ali Masykur sebagai Wakil Ketua Umum dan Yenny sebagai Sekjen," kata Cak Imin.
Baca Juga:
Daftar Lengkap 580 Anggota DPR Terpilih 2024-2029 Bakal Ikuti Pelantikan Hari Ini
"Terjadi kepemimpinan lebih kurang satu tahun, dan saya tidak ikut-ikut, saya kembali jadi salah satu ketua. Dalam proses kepemimpinan Ali Masykur dan Yenny inilah hasil kudeta terhadap saya," imbuh bakal cawapres yang mendampingi Anies Baswedan untuk Pilpres 2024 itu.
Ia mengatakan KPU saat itu memandang tak dapat melegitimasi kepemimpinan Ali saat mendaftarkan PKB sebagai peserta pemilu, dengan alasan bukan ketua umum resmi.
"Bukan Ketum, maka harus ganti Ketum supaya bisa daftar ke KPU, karena harus daftar ke KPU maka yang sah di KPU adalah tanda tangan saya sebagai Ketum dan Yenny Sekjen," katanya.