Noordin kerap beraktivitas di pondok pesantren (ponpes) Luqmanul Hakiem, yang tak jauh dari kampusnya.
Ponpes ini merupakan salah satu sekolah jaringan Al Jamaah Al Islamiyah atau Jemaah Islamiyah (JI) di Malaysia.
Baca Juga:
Operasi Seroja Timtim: Komandan Pasukan Gugur di Pelukan Prabowo
Sampai akhirnya Noordin diangkat menjadi kepala sekolah di ponpes itu hingga tahun 2001.
Ketika Malaysia intensif memberangus jaringan JI, ponpes itu pun berhenti beroperasi tahun 2002.
Noordin ini menjalankan aksinya dengan memanfaatkan orang dari organisasi JI.
Baca Juga:
Saat Tragedi Tanjung Priok Lenyapkan 24 Nyawa
Noordin sendiri menganggap dirinya sebagai pemimpin sayap militer JI.
Namun, banyak dari anggota JI memandang sebelah mata kelompok Noordin.
Diperkirakan sejak tahun 2003, Noordin dan kelompoknya merencanakan dan menjalankan aksinya sendiri.