Saat dalam pelarian itu, Noordin dan Azhari juga merencanakan proyek pengeboman selanjutnya, yang lalu menyasar Kedubes Australia di Jakarta pada 9 September 2004.
Noordin kembali berpindah-pindah persembunyian, di antaranya Solo, Pacet, Indramayu, Pekalongan, dan Semarang.
Baca Juga:
Operasi Seroja Timtim: Komandan Pasukan Gugur di Pelukan Prabowo
Selama masa pelarian itu Noordin dan Azhari menyiapkan proyek peledakan bom selanjutnya.
Teror terus terjadi, hingga pada 1 Oktober 2005 terjaid serangan Bom Bali II.
Saat peledakan itu, Noordin diduga tetap berada di Semarang.
Baca Juga:
Saat Tragedi Tanjung Priok Lenyapkan 24 Nyawa
Noordin sempat bersembunyi di Solo, Rengasdengklok, Krawang, Surabaya, dan Wonosobo.
Pada 29 April 2006, polisi menyerbunya di Desa Binangun (Wonosobo), di tempat persembunyiannya.
Namun, Noordin berhasil lolos.
