Saat terjadi pemberontakan PRRI inilah, Sintong Panjaitan dilatih kemiliteran selama 3 bulan oleh anak buah Kolonel Maludin Simbolon. Kendati pernah bergabung dengan PRRI, Sintong tidak pernah ikut bertempur di pihak pemberontak.
Sebab, ketika pasukan pemerintah pusat melancarkan operasi militer di Sumatera, ia harus menunggui ayahnya yang sedang sakit keras, yang kemudian meninggal dunia.
Baca Juga:
Pengusaha Cilacap Motivasi 26 Siswa Seko Pusdiklatpassus Angkatan 108 Saat Pembaretan
Dalam operasi militer tersebut, pemerintah pusat mengirim peleton RPKAD yang dipimpin oleh Letnan LB Moerdani.
Sedangkan pihak PRRI dikomandani oleh Kapten Fritz Hutabarat. Dalam pertempuran sengit yang terjadi di Pematang Siantar itu, PRRI menderita banyak korban jiwa.
Enam orang teman sekelas Sintong di SMA, termasuk teman karibnya, Pintoa Panjaitan juga tewas dalam pertempuran.
Baca Juga:
Brigjen TNI Djon Afriandi Resmi Jabat Danjen Kopassus Gantikan Mayjen TNI Deddy Suryadi
Di kemudian hari, diketahui bahwa seorang anggota RPKAD yang ikut serta dalam pertempuran tersebut, menjadi anggota Peleton 1 Kompi Tandjung/Yon 3 RPKAD di bawah pimpinan Sintong Panjaitan dalam penumpasan G30S pada tahun 1965.
Sebagai remaja yang memiliki ketertarikan tinggi terhadap dunia militer, setelah lulus SMA pada tahun 1959, Sintong Panjaitan pun mendaftar untuk menjadi prajurit.
Akan tetapi, yang ia pilih saat itu bukanlah Akademi Militer Nasional (AMN), melainkan Akademi Angkatan Udara (AAU). Ia mengikuti tes AAU, pada akhir tahun 1959.
